地处风景秀丽的黑石礁海滨内，与星海公园毗邻，面积1.5万平方米，地下一层，地上三层，其中展出的标本很多是在国内独一无二的，如重达60多吨的黑露脊鲸、40多吨的抹香鲸等。这里有青翠的草地、蔚蓝的大海、漆黑的礁石，他们与优美的博物馆建筑融为一体，使人更能充分感受到大自然的主题。

　　地下一层，地上三层，是座典型的现代欧式建筑。大楼外青翠的青坪、蓝色的大海与优美的本体建筑相事例，更充分体现了“自然”这一主题。新馆现已开放恐龙、硬骨鱼类、软骨鱼类、小型海兽、大型海兽、海洋无脊椎动物和海藻六个展厅。

　　自然博物馆在展示手段上，充分运用了现代灯光音响和多媒体计算机等高科技，除传统的陈列外，还以互动方式将标本与观众拉近，使自然之物和人完美地融合，达到寓教于乐的目的。馆内还辟有供学术研究和会议、放映、科普夏令营等主题文化活动的多功能厅。